-
PDB Contents Guide 1. Introductionpdb 2009. 10. 12. 20:29
PDB format description 중 확인할 부분 정리.
Format 기본설명
- 그리스 문자는 alpha, beta, gamma 이런식으로 풀네임으로 쓴다.
- 콤마"," 콜론":" 세미콜론";" 은 list의 구분자로 사용된다.
- 콤마"," 콜론":" 세미콜론";" 이 구분자로 사용되지 않을 때는 백슬래쉬"\"와 함께 써야 한다.
(아래 예에서 언더라인 부분)
COMPND MOL_ID: 1;
COMPND 2 MOLECULE: GLUTATHIONE SYNTHETASE;
COMPND 3 CHAIN: A;
COMPND 4 SYNONYM: GAMMA-L-GLUTAMYL-L-CYSTEINE\:GLYCINE LIGASE
COMPND 5 (ADP-FORMING);
COMPND 6 EC: 6.3.2.3;
COMPND 7 ENGINEERED: YES
COMPND MOL_ID: 1;
COMPND 2 MOLECULE: S-ADENOSYLMETHIONINE SYNTHETASE;
COMPND 3 CHAIN: A, B;
COMPND 4 SYNONYM: MAT, ATP\:L-METHIONINE S-ADENOSYLTRANSFERASE;
COMPND 5 EC: 2.5.1.6;
COMPND 6 ENGINEERED: YES;
COMPND 7 BIOLOGICAL_UNIT: TETRAMER;
COMPND 8 OTHER_DETAILS: TETRAGONAL MODIFICATION
Record Format
- PDB 파일에서 한 line은 80글자로 이루어져 있다.(영문기준)
- 첫 6글자가 record name이고, 왼쪽 정렬이며, 각 값은 공백으로 구분된다.
- Record는 여러줄일 수도 있다.
- Record는 filed들로 구성된다.(즉, field + field + ... + field = record)
Records 종류
1. PDB 파일 전체에서 딱 한번만 한줄로 등장하는 Records.
(단지 종류를 나열한 것으로 아래 순서대로 나타난다는 보장은 없다.)
RECORD TYPE
DESCRIPTION CRYST1 END 파일의 마지막.
HEADER
파일의 시작. (포함 정보: PDB ID, 분류, 만들어진 날짜)
NUMMDL 모델들의 수
MASTER record 수를 검사하기 위한 값. END 전에 있음.
ORIGXn SCALEn